Como se dijo en el capítulo anterior, que trataba sobre las proteínas en la nutrición de los peces, la relación entre proteínas, grasas y carbohidratos es tan importante como su propia calidad, para conseguir un buen índice de conversión. Ahora es el turno de charlar sobre las grasas.

Los lípidos (grasas) son nutrientes altamente energéticos y representan aproximadamente un 15% de la dieta de los peces. Su principal función es aportar los ácidos grasos esenciales (EFA) y transportar las vitaminas solubles en grasa.

Los requisitos para la alimentación de los peces son generalmente los ácidos grasos omega 3 y omega 6 (n-3 y n-6 respectivamente). Estas cadenas lineales pueden ser de ácidos grasos saturados (sin enlaces dobles), poliinsaturados (más de 2 enlaces dobles) o altamente insaturados (más de 4 enlaces dobles). Los aceites de pescado marino tienen un alto contenido (más del 30%) en omega 3 altamente insaturado, por lo que el suministro de estos ácidos grasos en la dieta es importante, oscilando entre 0.5 y 2% de la dieta seca.

FIG I: El ácido linolénico es uno de los ácidos grasos incluidos en el grupo Omega 3.

Los dos principales ácidos grasos esenciales que deben ser aportados a la dieta son el ácido eicosapentanóico (EPA: 20:5n-3) y el ácido docosahexaenoico (DHA:22:6n-3).

Los peces de agua fría no necesitan cadenas muy largas de ácidos grasos altamente insaturados, pero a menudo requieren un ácido graso n-3 de 18 carbonos, ácido linolénico (18:3-n-3), en cantidades que va de 0.5 a 1.5% de la dieta seca.  Este ácido graso no puede producirse por los peces de agua fría y tiene que ser suministrado en la dieta. Muchos peces de agua fría pueden tomar este ácido graso, y a través de los sistemas enzimáticos pueden alargarlo (añadiendo átomos de carbono) hasta la cadena de hidrocarbonos, y posteriormente desaturarlo (añadiendo enlaces dobles) la cadena de hidrocarbonos más larga.

A través de este sistema enzimático, los peces de agua fría pueden fabricar cadenas más largas como por ejemplo EPA y DHA que son necesarios para otras funciones metabólicas y como componentes de la membrana celular. Como los peces marinos no tienen estos sistemas enzimáticos, estos ácidos grasos se necesitan para añadir a la comida, porque es su única fuente.
Otras especies de peces, como la tilapia, requieren ácidos grasos de la familia n-6, mientras que otros como las carpas requieren una combinación de ácidos grasos n-3 y n-6.
Una vez más la especie tiene que ser conocida perfectamente, para ser capaz  de diseñar la formulación óptima sin malgastar recursos.

Uno de los errores más comunes es incrementar el nivel de grasa (15%) en la formulación para sustituir parcialmente el aporte de proteínas con la finalidad de reducir costes. Esta medida provoca una acumulación de grasa en el hígado, reduciendo la salud y la calidad en el mercado de la acuicultura, si se usa como práctica común.