La coccidiosis hepática en conejos está causada por una infestación del protozoo Eimeria stiedae. Este parásito coloniza los conductos biliares formando granulomas.

Es necesario realizar un diagnóstico diferencial con coccidiosis intestinal (producida por Eimeria perforans y que cursa sin lesiones hepáticas pero con presencia de sangre en las heces) y una infección por Pasteurella multocida (da lesiones hepáticas pero debe estar asociada a síntomas neumónicos).

También es necesaria la confirmación microscópica de presencia de ooquistes de Eimeria stiedae.