Hace aproximadamente 1000  millones de años (entre 1.800 y 625 millones) aparecieron en la Tierra los primeros seres eucariotas y protistas.

Estos seres unicelulares vivían en el mar y necesitaban reaccionar a las modificaciones de su entorno como mecanismo para supervivir.

Actualmente todavía existen muchas especies de esta época, aunque centraremos nuestro interés en los géneros Euglena, Chlamydomonas y en sus manchas oculares. Se trata de un pequeño estigma que esta formado por proteínas receptoras (en este caso de proteínas fotorreceptoras) que permiten a la célula situarse en una zona con la cantidad optima de luz para realizar la fotosíntesis (acercándose por fototaxis o alejándose por fotofobia al activarse un flagelo que genera movimiento). En esencia se trata del ojo mas simple conocido pero de gran trascendencia en la evolución del sentido de la vista y de la aparición de nuevos sentidos y sistemas de receptores orgánicos gracias a las proteínas denominadas rodopsinas.

En una época  mas cercana, durante el periodo Ediacárico hace  635-542 millones de años, aparecen los organismos multicelulares complejos. Estos organismos están formados por muchas células unidas, constituyendo tejidos, especializados en determinadas funciones. Los tejidos se unen formando órganos, y un conjunto de órganos forma un sistema, y finalmente, una agrupación de sistemas  forma un organismo complejo.

En este periodo encontramos el origen de las actuales medusas. Todavía no se encuentran desarrollados los primeros ojos (en su concepto actual que podemos encontrar en los trilobites hace 540 y 250 millones de años) pero en las medusas las proteínas rodopsinas presentan un nuevo papel en la recepción de estímulos externos mediante las  manchas ocelares y los ocelos. Son manchas pigmentadas que aparecen en la umbrela de ciertas medusas y están constituidas por grupos de células de dos tipos, sensoriales ciliadas y células en cuyo interior se acumulan las rodopsinas. Estos receptores no les permiten distinguir objetos; sólo luces y sombras.

Además con la aparición de los animales multicelulares algunos órganos quedan aislados del exterior y surge una nueva necesidad de comunicación: la transmisión de información entre órganos internos y de los órganos internos con el exterior. Así las substancias  producidas en un parte del organismo informan a otras partes de alguna situación de interés general. Cuanto mas avanza la evolución mas compleja se hace la exploración exterior necesitándose desarrollar nuevos sentidos como el gusto, olfato, tacto así como permitir que el fotoperiodo , a través de los ojos hacia la hipófisis, regule algunos ciclos reproductores estacionales. Aquí es donde la naturaleza reacomoda la función de los receptores primitivos como las rodopsinas.

Las rodopsinas pueden encontrarse actualmente en todos los eucariotas, levaduras, plantas y animales modernos (mamíferos, aves, reptiles) en los que constituyen la clase A (o 1) de receptores capaces de detectar señales extracelulares procedentes del exterior o de otros órganos, transmitirlas al interior celular ,y desencadenar  las respuestas pertinentes.

Las rodopsinas se encuentran actualmente en las manchas oculares de Euglena y Chlamydomonas, en los ocelos de las medusas, en los bastones de la retina de reptiles, aves y mamíferos, en las papilas gustativas, en el olfato y en células de órganos internos como receptores de adrenalina  y constituyen un ejemplo de éxito bioquimico en el desempeño de nuevas funciones y siendo la base del funcionamiento de nuevos órganos.

De esta forma, al igual que la clorofila y la hemoglobina son adaptaciones de una molécula a nuevas necesidades evolutivas, también las rodopsinas constituyen la base bioquímica que, desde hace 1000 millones de años, utilizan las células aisladas (unicelulares) o las células de los individuos multicelulares para detectar cambios exteriores que les permitan adaptarse y sobrevivir.